本发明提供了一种用于印染废水处理的生物组合反应器，包括厌氧折流反应区、厌氧回流室和好氧动态反应区；生物组合反应器的入水口设于厌氧折流反应区；所述厌氧折流反应区由隔墙分隔为两个或两个以上折流室，折流室中竖直设有挡水板并接种有占折流室有效容积1/3-1/2的活性颗粒污泥。好氧动态反应区由两个挡水板分隔为第一隔室、第二隔室和第三隔室；第二隔室接种有1/3-1/2颗粒污泥；第二隔室设有格栅网，上部设有曝气系统；第一隔室和第三隔室设有袋式膜组件。本发明还提供了一种包括上述生物组合反应器的印染废水处理装置及应用了上述生物组合反应器的印染废水处理方法，具有工艺简单、成本低廉、运行稳定、出水水质好等优点。