本发明公开了一种富营养化水体的污染控制方法，包括在溪流设置地表径流生态截留净化工程和前置库净化工程，地表径流生态截留净化工程包括对溪流源头段均进行深挖处理，铺设滤料；对溪流边坡陡峭处水土流失段进行加固，对溪流边坡黄土裸露段采用植被恢复形式进行护岸；在溪流末段新建截滤沟；前置库净化工程包括分别在主流和支流设置前置库；在前置库的进水口设置沉淀区；在前置库内设置多级迂回式蛇形延伸廊道，在廊道中设置人工生物介质区；在前置库种植水生植物。本发明的富营养化水体的污染控制方法，用于对进入湖泊的溪流水体进行源头污染控制，形成有利于硝化反硝化交替进行的脱氮反应条件，无需化学药剂，无二次污染，能从根本上解决问题。