本实用新型公开了一种外植体消毒装置，包括带溢流嘴的广口容器以及与该广口容器扣合的盖体，所述盖体设有与该溢流嘴相配合的豁口，所述溢流嘴内侧固定有用于阻挡外植体流出的箅水网。与现有技术相比，本实用新型利用搅拌杆对外植体和消毒溶液进行搅拌，在保证消毒效果的同时还可一次对较多的外植体进行消毒；本实用新型利用箅水网保护外植体，避免倾倒消毒溶液时将外植体倒出。