本发明公开了一种以再生水为主要水源的河道生态修复方法；该方法包括如下步骤：沿河道两岸敷设截污管，截断进入河道的污水，通过城市排污管道将污水统一送往城市污水处理厂；关停拆除沿河道两岸的直排污染源,沿河道两岸修建景观道路,在景观道路与河道之间设置绿化隔离带；严格监督管理城市污水处理厂的运行状况，保证排出的再生水的水质达到一级标准的A标准；保留0.1m-0.2m厚度的河道底泥,清除多余底泥；将污水处理厂排出的再生水引入河道，保持不低于0.1m/s的流速，同时保持0.3m-1.5m的深度。采用本发明对被污染河道进行治理后，河道内的沉水植物品种不少于三种，实现了河道生态系统的良好修复。