本发明属于污水处理技术领域，涉及一种海洋水产品或淡水水产品类物质和产品加工过程中排放废水的生物处理工艺技术，特别是一种水产品加工废水的生物处理方法，工艺过程在废水生物处理系统中实现，通过调节投加生物填料的A/A/O工艺的进水、嗜盐菌的培养驯化和废水处理三个工艺过程对水产品加工废水进行有效处理；所采用的废水生物处理系统按功能包括进水箱、工段I、工段II、工段III和沉淀池；其工艺过程简单，操作控制灵活，安全可靠，废水处理效果好，节省能源和材料，生产成本低，经济效益好，便于推广应用。