本发明公开了一种深度处理畜禽养殖污水的方法及装置，它主要由集水池、畜禽粪污固液分离装置、微曝气调节池、厌氧氨氧化反应器、短程硝化反应器、反硝化除磷SBBR反应器构成。本装置利用废水中丰富的有机物作为反硝化碳源，反硝化效率高，无需外加碳源，具有短程硝化功能避免亚硝酸盐累积，适用于处理含高氨氮、高COD的畜禽养殖污水，同步去除COD、总氮、氨氮和总磷能力高；且工艺简单，能耗低，污泥产生量小；装置模块化，便于制作和安装，成套装置组合灵活、简单，投资小，占地少，能突破环境的限制，便于施工建设及推广。