本发明提供了一种能在大肠杆菌中高效表达人肠激酶基因及其产物的表达纯化方法，具体是根据已报道的人肠激酶轻链的核苷酸序列和大肠杆菌偏爱密码子的使用原则，设计编码与人肠激酶轻链氨基酸序列一致的人肠激酶轻链的核苷酸序列，进行体外合成，在大肠杆菌中得到高效表达，并利用亲和纯化得到高活力的MBP-hEK_L融合蛋白。该方法适合于人肠激酶的大规模制备。该重组蛋白能特异性识别和切割含有肠激酶切割位点的底物，能够作为工具蛋白酶用于重组融合蛋白融合标签的去除，且适用于生物工程制药业、基因工程、生物化学和分子生物学等方面的研究。