一种导电聚合物修饰的超级电容器及其制备方法，属于超级电容器技术领域。本发明采用MEMS技术将多个微型电容器集成于单一硅基片中，多个微型电容器之间通过并联（或串联后再并联）方式形成超级电容器。所有微型电容器包括一对微型凹槽，两个微型凹槽之间具有一个隔离柱，隔离柱的高度低于微型凹槽的深度；微型凹槽的槽壁沉积有金属电极层和导电聚合物薄膜；微型凹槽内部灌注电解液后密封封装。微型电容器制作过程中，在金属电极层上用简单有效的直接化学聚合导电聚合物薄膜，用以修饰电容器电极来提高微电极比容量、降低等效串联电阻。本发明提供的导电聚合物修饰的超级电容器具有比容量大、集成度高的特点，可作为各种电源或储能器件使用。