本发明公开了一种微电网智能控制系统，包括微电网能量管理单元、中央控制单元以及分布式控制单元；所述中央控制单元分别与微电网能量管理单元和分布式控制单元连接；所述微电网能量管理单元用于实现微电网最优的能量匹配；所述中央控制单元根据微电网能量管理单元的综合运行控制指令下达指令给分布式控制单元；所述分布式控制单元控制发电单元或储能装置。本发明通过将整个系统分为不同的逻辑块，细化了系统功能，大大降低了系统开发和维护的成本。