一种快速低损耗的超级电容器电压均衡系统及其控制方法，运用双层的电容均压电路对储能单元进行均压，增加能量的转移通道，提高均衡速度，又通过基于软开关技术的串联谐振支路实现功率开关器件的零电流导通和关断，降低开关损耗。该电压均衡电路可以使串联超级电容组在较短时间内实现电压均衡，能够提高各单体长时间工作后的可靠性和安全性。因为串联谐振支路的作用，使得电路的开关损耗小。又鉴于控制方法可以决定均压电路的工作模式，所以该均压电路待机状态下功耗小。本发明使整个均压系统均压速度更快，损耗更小，效率更高。