一种适用于含柴储孤立微电网的频率分层协调控制方法，频率控制系统由中央决策层和就地决策层组成，实现系统的一次调频和二次调频功能，一次调频由就地决策层的柴油发电机作为主调节单元，中央决策层中设置死区的PI控制器和就地决策层的分布式储能组成辅助一次调频单元，两个层级相互协调配合完成对频率的一次调节。当频率稳定于辅助一次调频死区上限或下限时，启动二次调频功能；二次调频由中央决策层二次调频模块和就地决策层的微源协调配合完成，通过重新设置分布式储能的有功参考值、调整新能源出力、启停柴油发电机、负荷控制等方式，调整柴油发电机的旋转备用或调峰备用，使系统频率恢复至额定频率运行。本发明可以充分协调利用不同微源的响应特性对系统频率进行调节，实现对孤立微电网简单、快捷的稳定控制，具有较强的鲁棒性和灵活性，能够满足孤立微电网系统长期安全稳定运行的需要。