本发明是基于一种新型阴离子交换柱（DEAE-硅胶分离柱），实现高效分离纯化水蛭素。以广西菲牛蛭制成的蚂蝗粉为原材料，属于中药制药领域，涉及动物有效成分的提取，目的是解决水蛭素提取复杂、成本高、难以工业化生产的问题。本发明的特征在于围绕这种新的价格低廉的DEAE-硅胶分离柱的分离纯化系统，设计了水蛭素分离纯化的新工艺。本工艺简单快速，成本低；并且所得到的水蛭素冻干粉活性高，回收率高，纯度高，保存期长，可为食品、保健食品、药品或化妆品等行业提供安全、优质的原料。