本发明公开了一种永磁电机牵引系统及其控制方法，系统中包括直流母线、超级电容储能模块、制动电阻模块、永磁电机驱动模块，其中，超级电容储能模块、制动电阻模块和永磁电机驱动模块并联在直流母线上。当永磁电机驱动模块中的永磁同步电机处于弱磁运行模式，超级电容储能模块根据“最小直流母线电压”原则通过释放电能的方式升高直流母线电压，以达到减少甚至消除弱磁运行区域的目的，使得永磁电机牵引系统的铜耗显著减少，从而提高了永磁电机牵引系统的效率，达到了节能的目的。