本发明提供一种包含超级电容器的储能系统中电池的充电方法及系统，包括：总控制器开启向电池充电的通道，向电池进行充电；脉冲充电控制器将接收到的该电流信号转换成脉冲电流信号，并向该电池进行脉冲充电；当进行脉冲充电的时间达到第一预设值时，总控制器关闭该向电池充电的通道，使电池停止充电；当停止充电的时间达到第二预设值时，脉冲充电控制器开启向超级电容器充电的通道，电池向超级电容器进行充电；当超级电容器充满电或向该超级电容器充电的时间达到第三预设值时，检测与控制模块开启向电池二次回充的通道，该超级电容器向电池进行充电。本发明有效地将电池放出的电进行回收利用，减少整个充电时间，提升电池的循环使用寿命。