一种飞轮储能单元抑制永磁直驱风力发电系统直流侧2倍频波动的控制方法，对电网不对称故障下永磁直驱风力发电机系统中间直流环节两侧功率进行计算，获取飞轮储能电机功率控制指令，进而计算得到飞轮电机q轴电流给定指令，控制飞轮储能单元吸收或释放功率实现对直流电容的波动功率补偿，实现对直流侧电压2倍频波动的抑制。本发明是通过对电网不对称故障下永磁直驱风力发电机系统中间直流环节两侧功率的计算，获取飞轮储能电机功率控制指令，进而计算得到飞轮电机q轴电流给定指令，控制飞轮储能单元吸收或释放功率，实现对直流电容的波动功率补偿，从而实现对直流侧电压2倍频波动的抑制。