本发明公开了一种混合储能微网系统截止频率确定方法，涉及微电网技术领域。本发明针对现有混合储能微网系统利用穷举法确定截止频率所带来的输出功率幅值波动、适应性较差等方面的不足，利用经验模态分解技术将微电源输出功率分解为不同瞬时频率等级的分量，从而得到对电源侧输出功率进行高低分频的最佳截止频率。本发明还公开了一种混合储能微网系统输出功率控制方法，根据独立微网供电功率平滑度指标动态调整截止频率，并按照动态调整的截止频率控制微网输出功率。相比现有技术，本发明可实现微网功率波动幅度的高效控制，提高微网运行的稳定性。