本发明公开了一种片上供电网络仿真的通孔处理方法及系统。该通孔处理方法包括：步骤1，计算片上供电网络的总电流I_total；步骤2，计算第l层金属走线到第l-1层金属走线之间的通孔总数步骤3，如果则忽略第l层金属走线到第l-1层金属走线之间第j个通孔，否则保留第l层金属走线到第l-1层金属走线之间第j个通孔；步骤4，忽略通孔后，修改电路拓扑图；其中为第l层金属走线到第l-1层金属走线之间第j个通孔电阻，l为正整数，ε为求解精度，μ为倍数因子。本发明可以根据求解精度ε和倍数因子μ自适应地实现通孔处理，并且通过并查集技术将电路拓扑更新，形成的仿真矩阵不再具有很强的病态性，因此可以提高待求解问题的收敛性和稳定性。