本发明提出一种电池储能电源参与电网二次调频的协调控制方法及系统，将电池储能电源安装在需要配合的区域电网内，协调控制模块从电网调控中心获取区域控制偏差(Area Control Error，ACE)信号，若ACE越过设定的调节死区，电池储能电源参与电网二次调频，然后通过对典型应用场景的划分，确定其参与调频的时机及出力深度；通过将理论调频指令转换为实际调频指令，再通过能量转换系统实现电池储能电源的充/放电控制，从而辅助传统调频电源完成二次调频过程，显著提高了电网二次调频的暂态和稳态性能，减少传统调频机组的频繁启动，快速维持电网供需平衡。