本发明提供了一种兼具APF与SVG功能的电池储能系统控制方法，方法包括：获取所述系统的PCC点电压和负载电流；当所述负载电流出现谐波时，所述电池储能系统以APF工作模式工作；当所述PCC点电压下降时，所述电池储能系统以SVG工作模式工作；当所述负载电流出现谐波且所述PCC点电压下降时，所述电池储能系统在APF与SVG共用硬件通道的工作模式下工作。该方法采用PR控制器对输入信号进行跟踪，最终达到共用硬件通道、实现无功补偿装置和有源滤波器合二为一的控制目的。