本发明公开了一种应用于微电网中混合储能系统的有功分级分配方法，其特征在于，设置由超级电容储能模块、蓄电池储能模块和储能协调控制器构成的微电网混合储能系统，并按如下步骤进行分配：1、获得混合储能目标总有功功率、超级电容SOC测量值和蓄电池SOC测量值；2、对混合储能目标总有功功率进行第一级分配；3、基于超级电容SOC测量值进行第二级分配；4、基于蓄电池SOC测量值进行第二级分配；5、输出分配结果，完成有功分级分配。本发明能够有效避免超级电容和蓄电池的过充和过放，减少蓄电池的循环次数，延长了超级电容和蓄电池使用寿命，提高微电网的稳定性和性能指标。