本发明公开了一种应用于风电场的飞轮储能矩阵系统的协调控制方法，步骤为：1)建立风电场飞轮储能矩阵拓扑结构；2)建立飞轮储能矩阵的控制系统；3.1)飞轮储能矩阵系统放电控制：P_rfw≤P_Omaxj，将飞轮储能单元j单独接入；P_rfw≥P_Omax1，需要逐个选择转速最高的前m个飞轮储能单元；3.2)飞轮储能矩阵系统充电控制：|P_rfw|≤P_Imaxj，将储能单元j单独接入进行储能；|P_rfw|≥P_Imaxn，需要逐个选择转速最低的前m个飞轮储能单元。本发明更有效的发挥飞轮储能矩阵系统的优势，减小单元切换损耗和运行损耗，保证飞轮储能矩阵系统和电力系统的稳定性，进而提高风电输出电能质量。