本发明公开了一种应用于微电网的混合储能系统，其特征是：混合储能系统是由超级电容储能模块、蓄电池储能模块和储能协调控制器构成；混合储能系统根据微电网的不同运行状态调整超级电容储能模块、蓄电池储能模块和储能协调控制器的控制方式以满足微电网的运行需求，在微电网并网运行时，混合储能系统有两种控制方式，第一种控制方式为混合储能系统接受微电网能量管理系统功率调度的控制方式，第二种控制方式为混合储能系统稳定公共连接点PCC输出功率的控制方式；在微电网孤岛运行时，混合储能系统为稳定微电网电压和频率的控制方式。本发明能满足微电网不同运行状态下的需求，并提高微电网功率等级。