本发明公开了一种基于电池储能的风力发电机电能质量控制器，它包括：两个并联的逆变器I和逆变器II，所述逆变器I和逆变器I的三相交流侧依次经滤波电感、接触器并接于电网三相进线端，所述逆变器I和逆变器II的直流侧接直流母线；并联于逆变器II两侧的储能电池组，双向DC/DC变换器和控制电路，并公开了一种控制方法，本发明采用独立的对风力发电机输出功率波动和谐波进行补偿，精确控制风力发电机输出的电能质量；借助直流母线，共用储能电池，减少电池容量冗余，本发明通过PI控制平抑风力发电机能量输出的波动，同时对电池组充、放电进行控制，响应速度快。