本发明属于制药化学领域，特别涉及一种4，6-二氯-2-甲基-5-硝基嘧啶的制备方法，主要步骤为：以盐酸乙脒、丙二酸二乙酯为原料在烷氧基钠等碱催化剂作用下环合制备4，6-二羟基-2-甲基嘧啶，在三氯乙酸和乙酸作溶剂下用硝酸对4，6-二羟基-2-甲基嘧啶进行硝化反应制得4，6-二羟基-2-甲基-5-硝基嘧啶，再通过三氯氧化在傅酸剂三乙胺等有机碱作用下进行氯化反应制备4，6-二氯-2-甲基-5-硝基嘧啶。本发明的方法中，以无毒或低毒原料代替剧毒或高毒原料，实现了绿色清洁生产工艺技术，废水量少，催化剂和有机溶剂均可回收使用；流程简短，可操作性强，适于批量生产。