本发明公开了一种实时观测大气透射率的方法与系统，具体为：1）通过利用被动遥感的太阳辐射计、主动遥感的激光雷达、自动的气象变送器和能见度仪，即时测量所处地域的大气气溶胶数据和气象条件；2）将所测量的数据进行匹配，使用一个动态时间周期内的最近邻时间匹配法则进行多数据协同使用；3）基于观测数据建立大气分层的廓线，或者大气整层含量信息，实时计算观测位置到目标位置之间的光谱透射率和光谱平均透射率。本发明用更为精确的观测结果耦合到MODTRAN辐射传输模型中，实时计算获取大气透射率。本发明能够实现大气透射率的实时测量与计算的目标，实时处理观测数据，快速计算大气任意位置之间的透射率光谱。