一种多层结构高阻隔薄膜制作的制备方法，它包括以下步骤：a.在透明基材上用等离子体增强化学气相沉积法沉积一层无机镀层；b.在1～80Pa真空状态下，利用具有刻蚀性能的气体放电形成等离子体对沉积的无机镀层进行刻蚀；c.在上述被刻蚀的无机镀层表面用等离子体增强化学气相沉积法沉积一层无机镀层；重复上述步骤，得到多层结构高阻隔薄膜。本发明方法工艺简单，设备投入低，得到的高阻隔膜表面平整，阻隔效果好，可以应用于制作高档食品、药品包装材料，也可用于有机太阳能电池或有机电致发光元件等。