本发明提供了一种全自动在线清洗控制方法，用于控制制药行业全自动配液系统的在线清洗，包括如下步骤：清洗前确认，外围管路清洗，药液口清洗，配液罐清洗，取样阀、罐底阀、钛棒过滤单元、预过滤单元清洗，空气吹扫，以及上述步骤的二次清洗确认。本发明提供的方法克服了现有技术的不足，实现了配液系统的全自动在线清洗功能，避免了清洗残留和遗漏死点，清洗效果满足越来越多的制药行业厂家的需求。