本发明涉及基因技术和微生物技术领域，涉及微生物制药领域中的基因工程菌株大肠菌sHJPF02，该菌株通过将欧米伽3合成酶基因导入大肠杆菌BL21得到，保藏登记号为CGMCCNo.7338，具有SEQIDNO.1-3的核苷酸序列。本发明提供的菌株可以生产EPA和DPA，可在工业化生产欧米伽3中应用。