本发明涉及一种用于薄膜太阳能电池的磁控溅射设备及其控制系统，属于磁控溅射镀膜技术领域，解决所镀膜层的厚度一致性等技术问题。磁控溅射设备包括安装在真空腔室内的旋转靶，该旋转靶呈筒状，其上装有可移动的磁体，靶筒外壁上装有靶材，内部装磁体，靶轴贯穿靶筒，磁体的移动机构装在靶轴的一端，靶轴的另一端装有靶材旋转机构。旋转靶电源，其一端与真空腔体内的阴极连接，另一端连接工控机，该工控机与移动机构控制器及移动机构相互连接，形成闭环控制系统，由电脑程序控制磁体移动。积极效果是通过闭环控制系统调节靶电源以及磁铁和靶材之间距离，保证所镀膜层厚度的均匀性和致密度的一致性。