一种制药灭菌设备用清洗干燥辅助装置及灭菌干燥方法，属于制药灭菌设备领域，具体涉及一种辅助制药灭菌设备进行清洗、干燥的装置及灭菌干燥方法。其特征在于：存储箱（7）上部通过进气管（701）连通灭菌清洗反应罐（1）的底部，进气管（701）上设有隔断阀（6），存储箱（7）左右两侧分别通过压缩气管（401）和真空管（901）连接压缩气发生装置（4）和真空抽取装置（9）；通过真空抽取装置（9）和压缩气发生装置（4）对存储箱（7）内分别进行抽气和充气来改变存储箱（7）的气压。本发明采用存储箱（7）对灭菌清洗反应罐（1）内的气压产生瞬间变化，以提高其内部的灭菌物品的干燥速率和干燥效果。