本发明揭示了一种用于盐碱地的灌溉控制方法与系统。该方法包括：设置参数，监测根区各土层土壤含水量，基于相对根长密度分布计算根区加权平均土壤含水量和根区加权平均土壤水渗透势，并计算作物水分胁迫指数CWSI，当CWSI计算值大于预定的CWSI临界值时，开始灌水；还可以根据计划湿润层内的土壤含水量分布计算理论灌水量，当实际灌水量达到理论灌水量时，停止灌水。本发明综合考虑了土壤水分、盐分以及根系分布对作物蒸腾与生长的影响，能更加准确、便捷地估算盐碱地作物所受到的水分胁迫程度，可为盐碱地农业节水、增产目标的实现提供有效工具。