本发明涉及薄膜太阳能电池的制作方法及系统。一种薄膜太阳能电池的制作方法包括以下步骤：在衬底上设定定位标记和分割轨迹；在衬底上沉积钼背电极，并根据所述定位标记进行定位，完成第一次划线；在所述钼背电极上依次沉积铜铟镓硒光吸收层、缓冲层和高阻层，并根据所述定位标记进行定位，完成第二次划线；在所述高阻层上沉积窗口层，并根据所述定位标记进行定位，然后完成第三次划线，形成电池样片；及根据所述定位标记进行定位，对所述电池样片按照裁剪的轨迹进行裁剪，形成薄膜太阳能电池。上述薄膜太阳能电池的制作方法，可以制作出所需形状的、子电池面积相等的薄膜太阳能电池。