本发明公开了一种基质栽培作物的灌溉决策方法及灌溉系统，该方法包括下列步骤：（1）使用标定后的电介质型土壤水分传感器进行基质水分数据的采集；（2）采用基于动态数据驱动的数值模拟方法，建立基质水分运移和作物根系分布模型；（3）由基质湿润体含水量与预设的作物灌溉目标含水量进行比较，以及模型得到的基质湿润体和作物根区的匹配程度进行灌溉数据决策，并依据该方法发明了一种基质栽培作物的灌溉决策，本发明方法和系统能够提高基质水分预报的动态性、实时性，具有节水、节能的特点，对制定用水计划有重要意义，便于大面积推广应用。