本发明公开了一种太阳能热水器智能控制系统及控制方法，所述太阳能热水器水箱内设有电加热器和至少一个温度传感器，另设有主控系统，所述电加热器和所述温度传感器分别与所述主控系统电连接，所述温度传感器能够传输数据给所述主控系统，所述主控系统能够控制所述电加热器启动和关闭，所述电加热器能够加热所述太阳能热水器水箱内的水。本发明能够实现太阳能热水器自身加热和电加热的智能控制，节省定时设定，在未满足太阳幅照情况下，满足使用者对水温的高要求，在充分发挥太阳能热水器节能、环保、低碳等优势的情况下，更具人性化。