本发明公开了一种合浦珠母贝数量性状基因聚合育种方法，步骤为：收集至少3个不同来源合浦珠母贝群体，构建F1代双列杂交家系，每个组合至少10个家系，养殖1周年时对每个家系进行评价，计算平均育种值，选留育种值排前50%的家系作为构建核心选育家系的候选家系；在候选家系中筛选雌雄个体，选择大小排前100的雌雄个体进行测量、计算个体育种值，排序；分别从雌雄育种值最大的家系中选择个体育种值最大的雌雄个体交配，从雌雄育种值排第二的家系中选择个体育种值排第一的雌雄个体交配，以此类推，构建F2代核心育种家系；按上述方法构建F3、F4、F5等多代家系进行累代选育至5代以上。按本方法选育，每代遗传进展可达到10%以上，近交系数可控制在设定水平，以避免近交衰退。