本发明提供了一种那西肽工业生产中发酵废水循环利用方法，压滤活跃链霉菌三级发酵液，控制滤固形物含量，滤液和罐体清洗液作为发酵废水；处理发酵废水，一次污泥排放至污泥池；一次处理废水送入MBR膜生化反应池二次处理；控制MBR膜生化反应池内污泥浓度；对污泥池内的污泥进行脱水，脱出的水返回MBR膜生化反应池再处理；储存二次处理废水；在二次处理废水中添加相应比例的培养基成分后，用于下批次的那西肽三级发酵，在不影响那西肽质量的前提下，解决了那西肽产业废水处理成本高和水资源浪费严重等问题，避免了对环境的污染，节省了直接排放废水需要进行的严格污水处理过程，极大地降低了生产成本，展现出良好的经济和环境效益。