本发明公开了一种复合式折流水处理生物膜反应器，具有进水口、出水口和放空口其特征在于：在一个矩形的池体内，由进流隔板、出流隔板、平流板将反应器分隔成相对独立的缺氧区、好氧区和平流区；缺氧区包括水平设置的平流板和连接在平流板两端下侧的进流隔板和出流隔板，在进流隔板与出流隔板之间设置有若干折流板；平流板与池体等宽；隔板与池体等宽，与左右池壁及池底板有一定间距；折流板为多孔结构，上端与平流板相连，下端与池底板相接，其一侧与前或后池壁相接，另一侧与后或前池壁有一间隙，相邻折流板错位布置；好氧区设置在出流隔板与池壁之间，中间设置有多孔载体，下面装有曝气头；在好氧区一侧装有循环水泵。本发明好氧区和缺氧区分开独立控制，可减少相互干扰，处理效果更好，工艺便于操作，可应用到富营养化水体、养殖水体甚至工业废水的生物修复。