本发明提供一种牲畜体温管理系统及其体温校正方法，该系统包括微处理器电路、N个具有湿度传感器的红外测温枪、不少于一个电子耳标和用于识别所述电子耳标的RFID阅读器；微处理器电路连接RFID阅读器用于获取牲畜的身份识别码；微处理器电路连接红外测温枪用于采集环境温湿度和牲畜体温。该方法包括：微处理器获取身份识别码和采集温度和环境湿度；将牲畜体温与环境温度进行初步比较、筛选；单点重复取值，直至得到M组有效牲畜体温，再进行单点滤波取值；然后，将N个红外测温枪的检测值经多点综合取值，得到与该身份识别码对应的牲畜体表温度TB；再进行补偿，即得到牲畜真实体温T。本发明具有降低养殖成本、科学实用的优点。