本发明公开了一种生物氧化石墨及其制备方法。将石墨分散在水中形成分散较好的石墨混合液加入到氧化亚铁硫杆菌培养基中，灭菌、冷却、接种氧化亚铁硫杆菌，培养数天，分散的石墨在微生物氧化亚铁硫杆菌的作用下引入含氧基团而被氧化；培养完毕，去除氧化过程中生成的矿物及其它离子，至pH中性为止；真空干燥得到纯净生物氧化石墨。本发明以具有氧化矿物能力的微生物氧化亚铁硫杆菌为菌种，对超声分散的石墨进行生物氧化，相对传统化学氧化石墨的方法，具有反应条件温和可控，反应过程绿色无污染，制备得到的生物氧化石墨缺陷较少等优点。