本发明涉及一种含氨废水短程硝化反硝化的快速启动方法，首先将接种物放入生物反应器，接种物为富集的硝化细菌，或者是硝化细菌与污水厂好氧活性污泥的混合物；采用间歇进水和连续进水两种操作方式进行系统启动；硝化细菌在间歇进水时投加，反硝化菌剂在连续进水时投加。与现有技术相比，本发明方法具有启动要求不苛刻，启动速度快，可以处理高浓度含氨废水等优点。