本发明涉及一种微囊藻毒素的原位检测方法及其装置，是用HP20树脂来吸附水体中的微囊藻毒素。具体步骤如下：首先将装有树脂包的装置放入水体中吸附微囊藻毒素；然后再将微囊藻毒素用75％甲醇溶液进行洗脱；最后素用高效液相色谱或液相色谱-质谱联用系统进行分析。本发明通过原位采集微囊藻毒素，结合毒素的脱附处理和高效液相色谱分析，实现对饮用水源地微囊藻毒素的实时监测与预警。本发明操作简单、成本较低，避免了毒素成分的生物转化，处理后的样品基质纯净，有利于色谱技术的定性和定量分析。同时，该方法与传统的水样分析和生物监测方法相比，能够提前检测到水体中的微囊藻毒素污染，灵敏度较高，可实现对饮用水源地水质安全的预警。