本发明公开一种起动机智能起动保护系统，稳压模块、电压侦测模块的输入端均连接于系统电源，输出端分别连接于带程序包的电子芯片的电源端和电压检测端；电门开关侦测模块的输入端接电门开关，输出端连接于电子芯片的信号输入端；晶振控制模块连接于电子芯片的频率控制端；电子芯片的输出端经主控开关连接至起动机的启动继电器上；设置保护系统的时时高压保护电压值为27.8±0.3V，设定起动后启动继电器延时释放的最长时间为30S，并且设置处于上升沿的系统电压在起动后控制释放上述启动继电器的电压值为24±0.3V；本发明通过智能分析系统电压变化来判断发动机的状态及控制起动电路，克服了现有技术中存在起动机保护性能不理想的缺陷。