本发明公开了生物微粒高通量分选和计数检测的集成芯片系统及应用。该芯片系统包括主体微流控芯片、微管、样品液微泵、交换液微泵、第一废液收集装置、第二废液收集装置、第三废液收集装置、激光发射装置、光电转换装置、光纤和计算机，在主体微流控芯片上包含不对称弯流道、第一分支通道、第二分支通道、第三分支通道、主流道、支路通道、对准标记等。本发明利用不对称弯流道实现粒子的预聚焦和分选，利用换液流道实现待测粒子承载液的交换以及粒子清洗，利用粘弹性流体的弹性及惯性效应实现粒子的截面中心聚焦。本发明无需鞘液，具有高速、高精度、微型化、自动化、低成本、制作工艺简单及易于批量生产等优点。