本发明公开了一种基于微磁场的免疫肿瘤细胞筛选系统，包括微芯片、永磁体和微顺磁体阵列，所述的微芯片包括薄片和载玻片，薄片和载玻片之间形成一个密闭的微流体通道；所述的微顺磁体阵列位于微流体通道内的载玻片上，永磁铁设置在微流体通道外靠近载玻片外表面，永磁铁的磁场穿过所述的载玻片作用于微顺磁体阵列上，其优点是微顺磁体阵列可以在微流体通道内形成更加均匀的磁场，被标记纳米粒子的肿瘤细胞在载玻片上的分布更加均匀，避免因过度聚集使肿瘤细胞受损，同时使得后续的识别过程更加方便快捷。