本发明公开了一种系统时钟的动态调整方法和电路，依据本发明，通过对锁相环配置寄存器配置操作的读取来关断锁相环时钟输出的方式，动态设置锁相环的配置值，由硬件自动完成锁相环的关断，相应地，通过计时控制，匹配锁相环模式变换的时间，开启锁相环时钟输出，从而，保证了锁相环时钟的完整性。这种时钟切换，由片上的硬件替换CPU来实现，既减轻了软件的负担和时序控制，提高了系统时钟的可靠性，也减轻了CPU的负担。