本发明公开了一种显微镜载玻片自动清洁方法及其装置，清洁方法包括：将载玻片放置于传送带的起始端，所述载玻片的上表面沾有香柏油；所述传送带将载玻片传送到第一位置，并停顿；在所述载玻片上表面覆盖擦镜纸；所述传送带将载玻片传送到第二位置，并停顿；向覆盖在载玻片上表面的擦镜纸滴加乙醚；所述传送带将载玻片传送到第三位置时，将覆盖在载玻片上表面的擦镜纸取下；所述传送带继续传送载玻片，载玻片跌入位于传送带末端下方的收集筐中；显微镜载玻片自动清洁装置包括支撑并传送显微镜载玻片的传送带、传送带步进电机、递纸系统、取纸系统和清洁液滴加装置，提高了工作效率，减少了工作人员与有害物质的接触，带来了显著的效益。