本发明公开了一种用圆孔径阵列实现二维冷原子表面光学晶格的方法，涉及中性冷原子激光囚禁及冷原子光学晶格领域。本发明基于亚波长圆孔径阵列的近场光学衍射，通过激光光源系统、聚焦透镜、扩束透镜、亚波长圆孔径阵列、二维冷原子表面光学晶格、磁光阱冷原子光学粘胶、原子探测器、激光器、斩波器、聚焦透镜、光纤，以及计算机系统来实现。用激光照射水平放置的亚波长圆孔径阵列，激光经亚波长圆孔径阵列的衍射，产生周期性分布的局域增强近场光场，它能实现对装载进入的中性冷原子实现有效的囚禁，从而实现二维冷原子表面光学晶格。本发明可实现不同种类的中性冷原子的表面光学晶格，晶格常数可调，原理简单，操作方便，应用范围广泛。