一种无源光接入网络用户上行信号传输方法及其系统，属于光纤通信技术领域，解决目前用户上行信号冲突的问题，并提高传输速率。本发明的传输方法将用户信息分别调制到N个正交波形发生器上，再通过激光器转换成混合输出光信号；接收的混合输出光信号转换为混合电信号，对N路相同的子混合电信号分离恢复出N路不同的用户信息。本发明的传输系统中，信号发射端包括N个不同的正交波形信号产生电路、电合路器以及激光器；信号接收端包括光电探测器、电分路器、N个相关电路、N个判决再生电路以及N个正交波形发生器。本发明对频偏和相位噪声要求较低，减少对电子芯片的依赖，大大提高用户端数据的接入能力，并简化无源光网络的结构和协议。