本发明公开了番鸭细小病毒病和番鸭呼肠孤病毒病二联疫苗的制备及应用，该二联疫苗以番鸭细小病毒弱毒P1株(保藏编号：CCTCC V201013)和番鸭肝白点病(番鸭呼肠孤病毒病)弱毒MWCA株(保藏编号：CGMCC 0667)为种毒，分别应用番鸭胚成纤维细胞和SPF鸡胚成纤维细胞转瓶培养技术增殖病毒，收获细胞毒液，按适当比例混合后加冻干保护剂冷冻干燥，制成二联活疫苗，在流行番鸭三周病和肝白点病的番鸭养殖地区应用。