本发明提出了一种复合微生物菌剂及其生产方法。本发明的技术方案是将相同体积的枯草芽孢杆菌菌液、酵母菌菌液和乳酸菌菌液按顺序依次接种到发酵罐内先进行有氧发酵培养，再进行厌氧发酵培养，得到复合微生物菌剂；复合微生物菌剂中，枯草芽孢杆菌、酵母菌和乳酸菌单个菌种数量10⁶～10⁷个/mL，总菌数量10⁷～10⁸个/mL。本发明提供了一种价廉、质优的复合微生物菌剂，可以用于快速发酵农家肥、抑止土壤中有害细菌的繁殖、水产养殖用水中硫化物的分解等领域，生产方法简便、易操作，可以实现商业化推广。